สถาปัตยกรรมบนผืนแผ่นดินบรูไนนั้น ต้องกล่าวถึงคตินิยมในการสร้างศาสนสถานในศาสนาอิสลาม นั่นก็คือ “มัสยิด” หรือ “สุเหร่า” อันเป็นเสมือนศูนย์รวมจิตใจของชาวมุสลิมทั้งมวล และยังเป็นที่ตั้งของศูนย์กลางชุมชนชาวมุสลิมในบรูไนเช่นกัน

การสร้างมัสยิดที่เก่าแก่ที่สุดในบรูไนนั้น สร้างขึ้นในรัชสมัยของสุลต่านบรูไนองค์ที่ 8 สุลต่านไซฟุล ไรจัล(Sultan Saiful Rizal)  ตามที่ปรากฏกล่าวไว้ในบันทึกของนักสำรวจชาวสเปนชื่อ อลอนโซ เบลทรัน   (Alonso Beltran) เขาได้เขียนไว้ว่า ณ เวลานั้น บรูไนมีมัสยิดที่สร้างแบบหลังคาซ้อนห้าชั้น ตามแบบอย่างสถาปัตยกรรมมลายู น่าเสียดายที่มัสยิดที่สร้างขึ้นในสมัยแรกนั้น ถูกเผาทำลายโดยทหารสเปนเมื่อคราวเกิดสงครามบรูไน-สเปนช่วงค.ศ.1533-1581

การสร้างมัสยิดเพื่อเป็นสถานสักการะและประกอบพิธีละหมาดของชาวมุสลิมในบรูไนนั้น ส่วนใหญ่มีการสร้างกระจัดกระจายตามเมืองและชนบทท้องถิ่นต่าง ๆ ชาวบ้านในท้องถิ่นชนบทจะสร้างมัสยิดของพวกเขาอย่างง่ายๆด้วยวัสดุที่หาได้จากท้องถิ่น เช่น ใบปาล์ม ใบมะพร้าว และไม้  การก่อสร้างตามแบบคติมลายูที่ไม่มีความซับซ้อน รูปทรงหลังคามุงอย่างง่ายๆ ส่วนใหญ่จะนิยมสร้างใกล้ริมแม่น้ำ ซึ่งเป็นที่ตั้งของชุมชนมุสลิมริมแม่น้ำที่ยังยึดถือปฏิบัติการปลูกสร้างบ้านริมน้ำมาจนกระทั่งถึงปัจจุบัน ดังเห็นได้จากกัมปง(Kampong)อันเป็นแหล่งชุมชนริมน้ำในสมัยโบราณที่มีประวัติศาสตร์การตั้งถิ่นฐานอย่างยาวนานในบรูไน

มัสยิดแห่งแรกที่มีการบันทึกชื่อ และมีการบันทึกไว้เป็นลายลักษณ์อักษร เรียกกันทั่วไปว่า “มัสยิดเปกัน บรูไน(Pekan Brunei)” หรือชื่ออย่างเป็นทางการคือ “มัสยิด มาบัต ปัก ตุงกัล(Masjid Marbut Pak Tunggal)” สร้างโดยสุลต่านบรูไนองค์ที่ 26 สุลต่านมูฮัมหมัด จามาลุล อลัมที่ 3 (Sultan Mohammad Jamalul Alam II) ทรงสร้างขึ้นเมื่อปีค.ศ.1958 ตั้งอยู่ในกรุงบันดาร์เสรีเบกาวัน น่าเสียดายที่ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 มัสยิดเปกัน บรูไนได้ถูกทำลายลงจากการทิ้งระเบิดของทหารญี่ปุ่น คงหลงเหลือเพียงภาพถ่ายที่มีบันทึกไว้ ทำให้สามารถรับทราบได้ว่า การสร้างมัสยิดสมัยแรกของบรูไนนั้น มีลักษณะหลังคาซ้อนทรงสามเหลี่ยม ละม้ายคล้ายคลึงกับแบบอย่างนิยมในการสร้างมัสยิดในคาบสมุทรมลายูเป็นอย่างมาก